El Seminario Patriarcal Latino ha acogido y formado a candidatos para ser sacerdotes diocesanos en el Patriarcado Latino de Jerusalén y en otras diócesis durante más de un siglo y medio. El Patriarca Giuseppe Valerga fundó el Seminario en diciembre de 1852 con una visión verdaderamente católica: formar a los cristianos árabes locales y a los jóvenes procedentes del extranjero para ser sacerdotes diocesanos de la Diócesis Patriarcal de Jerusalén. Debido a las circunstancias, el seminario se trasladó a Beit Jala el 7 de septiembre de 1857. Desde el 7 de julio de 1936, mantiene allí su base principal de operaciones.
La formación de los futuros sacerdotes se confió al clero del Patriarcado Latino hasta la Primera Guerra Mundial. A causa de la guerra, el seminario quedó abandonado y sólo tres seminaristas volvieron a ordenarse sacerdotes, tras lo cual se cerró temporalmente para llevar a cabo una renovación muy necesaria. El Patriarca Barlassina reabrió el Seminario Mayor en 1920 con 7 seminaristas, y en 1921 reabrió el Seminario Menor con 18 seminaristas. Muchos de los sacerdotes del Patriarcado habían muerto o se habían visto obligados a marcharse durante la Gran Guerra, por lo que, en octubre de 1921, S.B. Barlassina confió el seminario al buen cuidado de los monjes benedictinos alemanes de la Abadía de la Dormición. En 1932, los Padres del Sagrado Corazón de Betharram, congregación francesa, sustituyeron a los benedictinos. En 1976, el ministerio de la formación fue confiado de nuevo al clero patriarcal diocesano.
La vida del seminario se ha visto enriquecida a lo largo de los años por los cuidados y la dedicación desinteresada de las religiosas: las Hermanas de San Carlos Borromeo (1921-1929), las Hermanas de Santa Dorotea de Vicenza (1929 a 1980), las Hermanas de Nuestra Señora de la Merced (2008-2013), y ahora las Siervas del Señor y Nuestra Señora de Matara.
Actualmente, el clero y el personal del seminario se encargan tanto del Seminario menor como del mayor. El Seminario menor reúne a jóvenes, de todas las regiones de la diócesis, que están interesados en explorar una vocación al sacerdocio. Los estudiantes de los grados 9 a 12 reciben una formación académica tradicional y son introducidos gradualmente a una vida centrada en la oración, la comunidad y el discernimiento. El rigor académico del Seminario menor, junto con la formación espiritual y humana que reciben los seminaristas, les prepara para entrar en el Seminario mayor o para seguir otros estudios.
La formación en el Seminario Mayor es más que un curso de estudio; es más bien un viaje a través de varias etapas distintas de desarrollo a través de las cuales el seminarista se sumerge en las prácticas espirituales y comunitarias que son esenciales para el sacerdocio católico. A través de la liturgia, la oración, la enseñanza y la vida comunitaria, los seminaristas aprenden a vivir en la presencia de Dios.
El seminario está afiliado a la Universidad Pontificia Lateranense de Roma desde el 3 de mayo de 1967. Esta afiliación permite a los estudiantes que completan el programa recibir una licenciatura en Teología. En 2010, el seminario fue reconocido oficialmente como institución de enseñanza superior por el Ministerio de Educación palestino, lo que implica que el título de licenciatura otorgado a los seminaristas está oficialmente reconocido por el Estado de Palestina. El plan de estudios del Seminario Mayor comprende un año propedéutico de formación espiritual, discernimiento y estudio de la lengua francesa, dos años de filosofía, un año en el Seminario de San José (Nueva York), tres años de estudios teológicos, un año de experiencia pastoral y un año de preparación a la ordenación.
Los programas de estudio y de formación se basan en la Ratio Fundamentalis (2017), la Exhortación Apostólica Pastores Dabo Vobis, el Ordo de la Pontificia Universidad Lateranense y la Ratio Studiorum del Seminario que fue actualizada en 2016 y publicada en el Calendario Académico General. Los cursos se imparten en árabe, inglés y francés.
Los santos patronos del Seminario son Nuestra Señora de la Inmaculada Concepción, San José, San Francisco Javier y Santa Teresa de Lisieux. Con tan buenos patrones y con la gracia de Dios, el seminario ha formado a 289 sacerdotes, entre ellos 15 obispos y 3 patriarcas: Giacomo Giuseppe Beltritti, Michel Sabbah y Fouad Twal. Fundado principalmente para formar al clero local, el seminario ha estado tradicionalmente, y sigue estando, abierto a estudiantes de otras instituciones y países que deseen prepararse in situ para el servicio de la Iglesia en Tierra Santa.